Organami Szkoły Podstawowej nr 54 im. Janusza Korczaka w Szczecinie są:
1. Dyrektor Szkoły – Iwona Bogus
Kieruje szkołą, jest jej przedstawicielem na zewnątrz, przełożonym służbowym wszystkich pracowników szkoły, przewodniczącą rady pedagogicznej. Sprawuje opiekę nad dziećmi i młodzieżą ucząca się w szkole. Szczegółowe zadania i kompetencje Dyrektora określa statut szkoły.
2. Wicedyrektorzy Szkoły
a) wicedyrektor ds. klas IV-VIII – Anna Borucka
b) wicedyrektor ds. klas I-III oraz przedszkola – Katarzyna Molęda
Szczegółowe zadania i kompetencje wicedyrektorów określa statut szkoły.